2019年4月，SCI学术期刊《Current Genomics》在线发表公司细菌基因组学和传染性疾病课题组的最新研究成果《Domain-based Comparative Analysis of Bacterial Proteomes: Uniqueness，Interactions, and the Dark Matter》。该课题系统研究了来自不同细菌的100多万条蛋白质序列结构域，发现结构域复制率与细菌蛋白质组大小呈正相关型，且结构域冗余度与细菌和环境及细菌和宿主的相互作用密切相关。本项研究根据蛋白质序列中结构域的数目将蛋白质组分为四个部分，分别进行了理化性质分析，并发现大量没有结构域的蛋白质序列（Dark Matter）。此外，根据结构域的分布情况，在比较基因组的基础上，该研究还在部分细菌中找到具有潜在生物靶标特性的独特结构域。后续将深入研究无结构域蛋白质序列的特征及其生物学意义。

本项目得到信誉菠菜导航网优秀人才启动基金（No.D2016007）、江苏省高校自然科学基金（No.16KJB180028）和江苏省双创计划（2017）的资助。生物信息学专业2016级本科生杨健叶为第二作者，2016级本科生许亚苹和吕继昌为共同作者，王亮博士为通讯作者及第一作者。

图1 结构域冗余度、结构域共现复杂度以及蛋白质序列理化性质分析